Peru rastų mumijų audinių mėginių genetinės analizės rezultatų ataskaita. Ši ataskaita buvo parengta 2018 m. Lapkričio mėn.
- „Salik.biz“
Atlikėjai
- CEN4GEN laboratorijos (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Kanada T6E 6T9) - mėginio paruošimas ir sekos nustatymas.
- „ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV“(Meksika) - kompiuterinių duomenų analizė.
Atlikus išankstinę kokybės analizę, iš 7 pateiktų pavyzdžių tolesnei analizei buvo paimti 3 mėginiai.
Mėginiai analizei
| Paskyrimas | originalus vardas | Sąlyginis vardas | Paveikslėlis |
| Senovės-0002 | Kaklo kaulai, sėdintys 00–12 Viktorija 4 | Viktorija | 3.117 pav |
| Senovės-0003 | 1 ranka 001 | Atskirkite ranką 3 pirštais | 3.118 pav |
| Senovės-0004 | „Momia 5“- DNR | Viktorija | 3.117 pav |
Šiems mėginiams buvo atliktos šios operacijos:
Reklaminis vaizdo įrašas:
- DNR ekstrahavimas.
- DNR kokybės patikrinimas.
- DNR dauginimas.
- DNR bibliotekos sukūrimas.
- DNR sekos nustatymas.
- Išgrynintų sekuotų duomenų formavimas.
- Kokybės kontrolė.
- Preliminari analizė, apimanti DNR, rodo žmogaus genomą.
- Trumposios DNR išskyrimo analizė būdinga senovės DNR.
- „Ancient0003“DNR perdangos esmė yra esamose žmogaus genomo bibliotekose.
- Mitochondrijų analizė D-kilpų variantams ir kitoms informatyvioms vietoms mitochondrijų haplotipams nustatyti.
- Mėginių lyties nustatymas.
- Galimų svetimkūnių identifikavimas mėginiuose.
- DNR duomenų bazių analizė, siekiant nustatyti panašumus su žinomais organizmais.
3.117 pav. Mėginių paėmimas iš Viktorijos kaklo.
Norint nustatyti galimus organizmų tipus, esančius mėginiuose „Ancient0004“ir „Ancient0002“(Victoria), buvo atliktas genomo DNR eskizavimas (Ondov ir kt., 2016), kurio metu buvo palygintos trumpų fragmentų grupės, k-merai, su turimomis duomenų bazėmis. Buvo naudojama „BBTools“programinė įranga.
Buvo tiriami šie organizmai:
- Bakterijos.
- Virusas.
- Plazmidės.
- Fagai.
- Grybai.
- Plastid.
- Diatomos.
- Žmogus.
- Bosas Jautis.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
„Mix2“: Šių genomų etiketė:
- Lotus japonicus chloroplastas, pilnas genomas.
- Canis lupus familiaris cOR9S3P uoslės receptorių šeimos 9 pogrupis S pseudogenas (cOR9S3P) 25 chromosomoje.
- Vigna radiata mitochondrionas, pilnas genomas.
- Millettia pinnata chloroplastas, pilnas genomas.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, viso genomo šovinio seka.
- Asinibacterium sp. OR53 pastoliai1, viso genomo šovinių seka.
- „Bacillus firmus“padermė LK28 32, viso genomo kulkosvaidžių seka.
- Bupleurum falcatum chloroplastas, pilnas genomas.
- Alicycliphilus sp. B1, viso genomo kulkosvaidžių seka.
- „Bacillus litoralis“štamas C44 Scaffold1, viso genomo kulkosvaidžių seka.
- Chryseobacterium takakiae padermė DSM 26898, viso genomo kulkosvaidžių seka.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- „Bacillus halosaccharovorans“padermė DSM 25387 „Scaffold3“, viso genomo šovinių seka.
- Rhodospirillales bakterija URHD0017, viso genomo kulkosvaidžių seka.
- Bacillus onubensis padermė 10J4 10J4_trimmed_contig_26, viso genomo šovinio seka.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, viso genomo šovinių seka.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, viso genomo šovinio seka.
-
Stuburiniai gyvūnai: šių genomų etiketė:
- „Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta“.
- „bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta“.
- „bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta“.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- „GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna“.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- „Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna“.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Pirmuonys.
3.118 pav. Dviejų trijų pirštų rankų vaizdas ir rentgenograma.
Po visų filtrų buvo gauti 27974521 skaitymai „Ancient0002“ir 304785398 „Ancient0004“. Tai rodo, kad 27% DNR iš Ancient0002 mėginio ir 90% DNR iš Ancient0004 mėginio negalima identifikuoti su analizuotų organizmų DNR mėginiais iš turimų duomenų bazių.
Kitas analizės etapas buvo atliktas naudojant „megahit v1.1.3“programinę įrangą (Li ir kt., 2016). Gautas toks rezultatas:
- „Ancient0002“: 60852 kontigai, iš viso 50459431 bp, mažiausiai 300 bp, daugiausia 24990 bp, vid. 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5,39%) surinktų skaitymų.
- Ancient0003: 54273 contigs, viso 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, vid. 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) surinktų skaitymų.
Analizės rezultatas parodytas paveiksle.
3.116 pav. Klasifikuotų 28073655 „Ancient0002“(viršutinė diagrama) ir 25084962 „Ancient0004“(viršutinė diagrama) santykis, palyginti su 34904805 DNR baze, atstovaujančia 1109518 taksonominėms grupėms.
Išvada
Atlikus analizę paaiškėjo, kad pavyzdžiai Ancient0002 ir Ancient0004 (Victoria) neatitinka žmogaus genomo, tuo tarpu Ancient0003 mėginys gerai atitinka žmogaus.
Korotkovo komentaras K. G
Atkreipkite dėmesį, kad trijų pirštų plaštaka priklausė dideliam padarui, kurio dydis buvo panašus į Mariją, o gautas rezultatas atitinka Marijos DNR analizės rezultatą. Viktorija yra „mažų būtybių“atstovė, o rezultatas rodo, kad jų DNR neatitinka jokių šiuolaikinių žemiškų būtybių. Natūralu, kad neturime duomenų apie senovės būtybes, kurios dingo per milijonus metų.
Nuorodos
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: išsami ir labai tiksli trumpai perskaitytų duomenų taksonominė klasifikacija per pagrįstą laiką. Genomo tyrimai, 28 (5), 751–758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Palyginus trijų senovės DNR ekstrahavimo metodų, skirtų didelio pralaidumo sekai, efektyvumą. Molekuliniai ekologijos ištekliai, 16 (2), 459–469.
- Huangas, W., Li, L., Myers, JR, ir Marthas, GT (2012). ART: naujos kartos sekos skaitymo simuliatorius. Bioinformatics, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Tingas, H.-F., Sadakane'as, K., … Lam, T.-W. (2016). „MEGAHIT v1.0“: greitas ir keičiamas metagenomų surinkėjas, pagrįstas pažangiomis metodikomis ir bendruomenės praktika. Metodai, 102, 3–11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mash: greitas genomo ir metagenomų atstumo įvertinimas naudojant MinHash. Genomo biologija, 17 (1), 132.
- Schubertas, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Senovės ir šiuolaikinių genomų apibūdinimas SNP aptikimu ir filogenominė bei metagenominė analizė naudojant PALEOMIX. „Nature Protocols“, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: naujos kartos sekos duomenų analizė žmogaus mitochondrijų DNR debesyje. Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). Kriaušė: greitas ir tikslus „Illumina“suporuotas „ReAd MergeR“. Bioinformatics, 30 (5), 614-620.
Medžiagą pateikė Konstantinas Georgievichas Korotkovas (Techninių mokslų daktaras, Informacinių technologijų, mechanikos ir optikos universiteto profesorius) ir Dmitrijus Vladislavovičius Galetsky (Medicinos mokslų kandidatas, I. P. Pavlovo pirmasis Sankt Peterburgo valstybinis medicinos universitetas).